De anadrome driedoornige stekelbaars groeit op in zee. Hij trekt in het voorjaar naar benedenstroomse rivieren om zich voort te planten. Het mannetje maakt in ondiep water met lijmachtige afscheiding een nestje van planten of zand in een kuiltje op de bodem. Hij lokt het vrouwtje hierheen met een zigzaggende baltsdans. Het vrouwtje zet haar eitjes af die door het mannetje worden bevrucht. Vervolgens bewaakt hij het nestje streng. Larven die zich buiten het nest wagen, worden ze zonder pardon in zijn bek teruggebracht.
De juveniele periode van deze driedoornige stekelbaars duurt ongeveer een half jaar. Hij blijft vervolgens in het benedenstroomse deel van de rivier of hij trekt naar zee. De trekkende vorm leeft als volwassen vis verder in zoet-zoutovergangen en kustzones. De vis leeft buiten het broedseizoen in flinke scholen.
Naast de driedoornige stekelbaars, kennen we in Nederland ook de tiendoornige- en de zeestekelbaars. Alleen de driedoornige stekelbaars maakt een jaarlijkse trek tussen het zoete en zoute water.
De driedoornige stekelbaars heeft, zoals zijn naam al zegt, drie stekels op zijn rug. Af en toe komen er ook vissen voor met twee of vier stekels. De stekelbaars heeft een zilverachtige kleur met zwarte vlekken op de flanken. In de paaitijd ondergaat het mannetje een spectaculaire metamorfose. Zijn rug wordt turquoise, zijn ogen glinsterend blauw en zijn keel en buik rood.
De driedoornige stekelbaars heeft geen schubben maar beenplaten. Hoe zouter het water waar hij leeft, hoe meer van deze platen hij op zijn flanken heeft.