Van juli tot november trekt de zeeforel naar de rivieren op om zich voort te planten. Net als de zalm vertoont de zeeforel ‘homing’ gedrag, waarbij hij terugkeert naar zijn geboortegrond. Bij de zeeforel is dit gedrag wel minder sterk. Hij trekt ook minder ver landinwaarts dan de zalm. Hij paait in koele snelstromende riviertjes en beken die uitmonden op de midden- en bovenlopen van grote rivieren.
De paaiplaatsen van zeeforellen en zalmen overlappen soms, waardoor er kruisingen ontstaan. Zalmen paaien normaal gesproken verder stroomopwaarts, maar door barrières of verdwijnen van geschikte paaigronden planten ze zich noodgedwongen ook wel eens meer stroomafwaarts voort.
De zeeforel paait op kiezel- en grindbanken. Het vrouwtje maakt een kuil door met haar staart heen en weer te slaan. Hierin zet ze haar eitjes af. Het mannetje bevrucht deze eitjes. Ondertussen maakt het vrouwtje alweer een nieuw nest. Zo legt het vrouwtje in totaal zo’n 10.000 eitjes. Na de paai sterft een beperkt deel van de zeeforellen. In tegenstelling tot de zalm blijven de meeste vissen in leven. Deze uitgepaaide vissen heten ‘kelts’. Vaak overwinteren de kelts in de rivier en trekken tegelijk met de smolts (jonge zeeforellen) weer naar zee.
Na zijn geboorte blijft een jonge zeeforel één tot soms wel vijf jaar in het zoete water van zijn geboorterivier. Daarna zwemt hij stroomafwaarts naar het estuarium. In dit brakke water went hij alvast aan het zoute zeewater. Hij is afhankelijk van een geleidelijke zoet-zoutovergang. Als de zeeforel volwassen en gewend is, trekt hij de zee op. Maar wel minder ver dan de zalm. Hij blijft meestal in de nabijheid van de kust.
Net als bij de zalm is het uiterlijk van de zeeforel afhankelijk van zijn levensstadium. De uit het ei gekomen jonge zeeforel heet ‘fry’ of ‘parr’. De zeeforel parr heeft donkere ovale vlekken aan beide kanten, net als de zalm. De vinnen, met name de borstvinnen, van de zeeforel zijn in dit stadium echter kleiner en vaak meer rood/oranje gekleurd dan die van de zalm.
Na een periode als parr verandert de zeeforel in een ‘smolt’. Hij krijgt dan een zilverachtige kleur. Als de zeeforel volwassen is geworden en in zee leeft, is hij zilverachtig gekleurd met een bruine tint. Hij heeft zwarte stippen en vlekken op zijn rug en zij.
Tijdens zijn migratie naar de paaiplaatsen verandert de zeeforel opnieuw. Mannetjes worden donkerder en krijgen rood tot bruinachtige vlekken. Ook vrouwtjes worden donkerder. Daarnaast krijgen mannetjes een haak aan het uiteinde van hun onderkaak. Hiermee kunnen ze vrouwtjes imponeren en aan de haak slaan.
De zeeforel en de zalm zijn moeilijk van elkaar te onderscheiden en worden dan ook vaak verward. Toch zijn er wel degelijk verschillen. Een zeeforel heeft een bruinachtige rug, is zwaarder gebouwd en heeft een grotere kop dan een volwassen zalm. Bovendien heeft hij zwarte plekjes in de vorm van stippen en vlekken. Bij een zalm zijn dit kruisjes. Ook de staart verschilt. De staart van de zalm is gevorkter dan die van de zeeforel.
Desalniettemin blijft het lastig beide vissen te onderscheiden. Helemaal omdat er ook hybride vormen bestaan: kruisingen tussen de Atlantische zalm en de zeeforel.
